Tras mudarse a un pequeño pueblo en la península de Izu para continuar con sus estudios, Iori Kitahara se hospeda en una habitación en la parte superior de la tienda de buceo de su tío, "Grand Blue". Mientras sueña con una vida universitaria rodeado de mujeres hermosas y buenos amigos, conoce al excéntrico club de buceo del lugar, un grupo de hombres musculosos que parecen estar más interesados en escabiar, salir de joda y andar en bolas que en bucear, que ven en Iori la oportunidad de sumar gente al club. Pero, pese a sus intentos por alejarse, Iori comienza a pasar más tiempo con ellos, mientras que sus primas comienzan a mostrarle las maravillas que guarda el océano.